На допросах студент пытался доказать, что его высказывания не были направлены на дискредитацию правительства, а «просто выражали его мнение». Например, он был недоволен запретом книги Джона Рида «10 дней, которые потрясли мир». Во время допросов Стефан и его товарищи своей вины не признавали, а их родители не теряли надежды и боролись за освобождение сыновей. По воспоминаниям родных, мать Стефана — бывшая гимназистка и сестра милосердия — на свидании в тюрьме «сидела на краешке стула с ровной спиной и успокаивала сына: "Стива, не волнуйся! Мы все за вас хлопочем! Я вот тебе все теплое принесла"». Оказывается, мать уже знала, что Стефана с товарищами переводят в Нижне-Туринскую тюрьму.
Стефан Захаров вспоминал: «Где-то в начале августа 1941 года в Нижнюю Туру пришла бумага. В ней даже не указывалось никакой статьи, по которой нас обвиняли. Просто говорилось о какой-то контрреволюционной деятельности. А в конце бумаги: что нас отпускают на все четыре стороны. Со справками, полученными в Нижней Туре, мы явились в Свердловское управление НКВД, получили изъятые при аресте и обыске документы и фотографии».
Трое свердловских студентов были освобождены летом 1941 года (суд засчитал им в срок отбытия наказания время нахождения под арестом). По мнению родных Стефана Антоновича, это произошло из-за начала войны и того, что кто-то из крупных чинов НКВД решил, что молодым парням лучше идти защищать Родину. В деле есть упоминание, что нужно принять во внимание возраст обвиняемых — двадцать лет.
Вскоре после освобождения Стефана Захарова призвали на фронт. Вот что о том времени вспоминает племянница Стефана Антоновича, Елена Викторовна Захарова: «Бабушка дважды получала на дядю похоронки, но он оказывался живым, просто [погибала] та рота или полк, в котором он вызывал огонь на себя, но дядя (1,93 роста) под горой трупов оказывался выжившим. А потом случилось еще более страшное... В состоянии глубокой контузии он попал в плен, прошел несколько концлагерей. Когда нацисты его спрашивали: "Кто командир? Кто коммунист?", он показывал на голову и говорил: "Я ничего не помню, не видите, что ли?". Допросы на Ленина, 17 его научили: начальству лучше, когда оно думает, что допрашиваемый глупее его. В концлагере Маутхаузен он участвовал в лагерном подполье, которое готовило массовый побег. Но попытка не удалась. Наступали американцы. Фашисты заметали следы. Крематории были переполнены. Дядю и еще нескольких человек повели на расстрел. Тут приземлились американские самолеты и немцы разбежались. Американцы предложили освобожденным на выбор — уходить с ними или своим ходом добираться домой, а так как они захватили все протоколы допросов, то связались с нашим командованием и сказали моему дяде, что на Родине он фильтрации проходить не будет. Вот и пошел этот двадцатичетырехлетний паренек через всю Европу пешком. По пути еще повоевал в партизанском отряде в Северной Италии под кличкой Высокий».
Вернувшись в Свердловск, Стефан Антонович окончил филологический факультет УрГУ. Десять лет преподавал в школе №40 литературу, вел драматический кружок. Его учениками и воспитанниками были будущие кинорежиссеры Усков и Краснопольский. В 1958 году Стефана пригласили на должность ответственного секретаря редакции вновь организованного журнала «Уральский следопыт». А еще через десять лет, в 1968 году, Стефан Антонович стал ответственным секретарем журнала «Урал». Эту должность он занимал до 1990 года. Стефан Антонович — автор более десяти книг.
Дочь писателя, Ольга Стефановна Преображенская, вспоминает, что в семье с ней никогда не разговаривали на тему ареста отца. И только в 1990 году в нескольких номерах журнала «Урал» была напечатана документальная повесть Захарова «Подданные короля ресторанов, или Дети особого совещания». Прочитав ее, взрослая дочь Стефана Антоновича узнала, что случилось с отцом незадолго до войны: «Я спрашивала папу, как же так, что не знала про это? Отец отвечал, что таких историй было немало, попадали многие в водоворот того тяжелого времени. Вот и все».
В своей повести Стефан Антонович называет имя провокатора из числа бывших друзей, хотя фамилии следователей изменил. Он объяснял это тем, что не знает дальнейшей судьбы следователей: кто-то мог погибнуть на фронте, кто-то сам попал под репрессии. А провокатору не смог простить предательство дружбы. Этот человек в итоге повесился у себя на кухне.
Стефан Антонович Захаров и его друзья, проходившие по этому делу — Сергей Архипович Запретилин и Валерий Константинович Кочнев — были полностью реабилитированы.